El reconocimiento de los valores naturales del entorno de El Hito, da la razón a Ecologistas en Acción y otras organizaciones ecologistas que durante años han reclamado dicha protección. Ya en 1998, se incluyó la mayor parte del espacio ahora protegido como IBA (Important Bird Area) y fue puesto en conocimiento de la UE.

Además de las importantes comunidades de avifauna que ya merecieron la catalogación como ZEPA de la laguna de El Hito, dentro del perímetro existen importantes valores: humedales de Casalonga, comunidades gipsófilas (hábitat prioritario recogido en el Anexo I de la Directiva 92/43/CEE) y comunidades piscícolas del río Záncara. Todos ellos justifican el inicio de un procedimiento de protección como ZEC (Zona de Especial Conservación), figura también de la Red Natura 2000.

De entre las especies vegetales más importantes vinculadas a la presencia de yesos (gipsófilas) se encuentran plantas de alto valor científico y ecológico, encontrándose entre ellas endemismos manchegos. Las más destacadas son: Gypsophila bermejoi, Arenaria cavanillesiana, Teucrium pumilum y Lepidium cardamines, todas ellas catalogadas de interés especial a nivel regional.

Toda esta información se plasmó en las alegaciones que presentó Ecologistas en Acción en 2010 ante el Ministerio de Industria, cuando Villar de Cañas se postuló para albergar el almacén de residuos nucleares (ATC).

Ahora, tras un proceso iniciado en julio de 2015, el Consejo de Gobierno de la Junta de CLM, ha aprobado la protección de la zona, gracias a un intenso trabajo técnico y científico que sustenta sólidamente esta protección. También ha habido varios periodos de alegaciones que han permitido que todos los afectados pudieran poner de manifiesto sus propuestas y enriquecer el documento final de protección.